Se halla estrechada hacia el norte, confrontando saliente al mar océano, por en medio de sendos arenales muy dilatados. Circundan la villa montes inaccesibles de peñascos, encinas y muy pocos robles, lo más son matorrales, argomas, espinos, agracios y verezo (brezo). En sus faldas hay hondonadas naturales que se inundan por el agua del mar.

El marqués de la Ensenada, en su famoso catastro, describía en el siglo XVIII a la villa de Noja de la manera anterior, hoy nos ocupa un paseo por las marismas del joyel, situadas entre Noja e Isla, forman parte de la reserva natural de Santoña, una de las diez zonas húmedas o humedales más importantes de la Península Ibérica y considerada de importancia internacional como refugio para las aves migratorias del continente europeo.

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No podemos hablar de la marisma de Joyel sin hacer referencia a la ría de Cabo Quejo, situada esta a caballo entre los municipios de Noja y Arnuero. El humedal de Joyel ocupa el extremo noroccidental de Noja y todo el conjunto, incluyendo la ría de Cabo Quejo y la vecina playa de Ris, abarca una extensión aproximada de 249 hectáreas ocupando un perímetro de más de 8 kilómetros. 

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La hidrodinámica de este humedal tiene algunos puntos de coincidencia con la laguna de Victoria, por cuanto la marisma de Joyel, propiamente dicha, posee un escaso intercambio de agua con el mar y su principal aporte de aguas continentales proviene del acuífero sobre el que se asienta. Sin embargo, en este caso el aislamiento del medio marino no es tan acusado, llegando a ser notable la influencia de las mareas, aunque no con igual intensidad que en la colindante ría de Cabo Quejo.

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En la actualidad, la separación entre ambos espacios es artificial, por medio de diques provistos de compuertas a través de las cuales se realiza el intercambio de agua. La marea asciende a lo largo de la ría de Cabo Quejo y, al llegar a los diques, atraviesa las compuertas de forma que la mar entra en la marisma de Joyel donde se mezcla con agua dulce para dar lugar a todos los procesos biológicos característicos de una marisma, que ya describimos en el capítulo correspondiente. Durante la bajamar el agua circula en sentido contrario, de manera que el nivel hídrico dentro de la marisma de Joyel oscila con cada ciclo mareal.

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Con este trasiego de aguas, la calidad del medio acuático es variable en Joyel, y no sólo en cada ciclo mareal sino también en su distribución a lo largo del humedal. Así, las zonas próximas a los diques tienen una salinidad mayor que las más alejadas. Esta circunstancia es aprovechada por los organismos que pueblan la marisma, de forma que su ubicación se corresponde con el gradiente de salinidad del agua, lo que permite una diversificación de las especies y, en consecuencia, una mayor biodiversidad en el humedal.

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